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我校与中国热带农业科学院紧密结合，是我国唯一的从事热带农业高等教育和科学研究的机构，一直以来将学科建设摆在首位，非常注重发展交叉学科，以形成具有热带大学农业特色、以现有的省级重点为主体和优势学科、辅之以相应的理学基础学科和人文管理学学科的学科群体。
学校非常重视基础学科，在保持传统学科优势的同时，扶持新兴学科，发展应用学科，积极加强学科间的交叉、融合与渗透，形成了一批优势学术研究方向和学科生长点。学校每年投入大量资金进行学科建设，近几年基本上以每年近百万元的资金投入进行校级重点学科的建设工作。并兴建现代化实验大楼，购置了一批大型精密仪器设备，引进一大批专业技术人才，完善了学术队伍结构，明显地提高了学校申报和进行重大科研项目的能力，学科的整体实力和水平上了一个新的台阶。目前学校拥有1个国家级重点学科，2个农业部级重点学科，3个海南省省级重点学科和11个校级重点学科；有1个博士学位授权一级学科，2个博士学位授权点和11个硕士学位授权点，1个博士流动站。 国家级重点学科 作物遗传育种
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